Bardzo częstym problemem jest prawidłowe rozliczenie procedury specjalne w systemie RPS. Mimo, że posiadamy pełną dokumentację przerobu prowadzoną w zakładzie przetwórczym nie jesteśmy w stanie prawidłowo przeprowadzić pełnego i bezproblemowego rozliczenia całej procedury. Takie sytuacje pojawiają się dość często szczególnie jeżeli mamy do czynienia z wieloma towarami biorącymi udział w uszlachetnianiu. Do tego wszystkiego dochodzi niepoprawność lub brak wiedzy w pewnym zakresie związanym z tworzeniem zgłoszeń celnych, które mają istotny wpływ na końcowe rozliczenie uszlachetniania. Z naszej częstej praktyki wynika, że zmiana Agencji celnej obsługującej dany podmiot nie poprawia sytuacji w zakresie kompetencji, a wręcz przeciwnie powoduje sytuację sporów pomiędzy podmiotem, a Agencją celną doprowadzając do poważnych problemów w zakresie rozliczenia procedur specjalnych.